1603-ம் ஆண்டில் மதுரையை சேர்ந்த ஒரு மத தலைவர் தனக்கு வரி குறித்த காலுத்தினுள் செலுத்தாததால் குறுநில மன்னனாக இருந்த கயத்தாறு மன்னன் வெட்டும் பெருமாளோடு சேர்ந்து படையெடுத்து வந்து தூத்துக்குடியைத் தாக்கினான். அங்கிருந்த இயேசு சபையினரின் தலைமை இல்லத்தையும், அதனுடன் இணைந்திருந்த பனிமய மாதாவின் முதல் ஆலயத்தையும் இடித்து நெருப்பு வைத்தான். அங்குள்ள விலையுயர்ந்த பொருட்களையும் சூறையாடினான். புனித இராயப்பர் ஆலயத்தையும் இடித்துத் தகர்த்தான்.
ராஜ தீவில் ( முயல் தீவு ) புதிய ஆலயம் தொகுப்பு
மதுரை சேர்ந்த தலைவரின் கொடுமைகளிலிருந்து தப்பிப்பதற்காக, தூத்துக்குடி, வைப்பாறு, வேம்பாறு போன்ற ஊர்களில் வாழ்ந்தவர்களும் இயேசு சபையினரும் 1604-ம் ஆண்டில் தூத்துக்குடிக்கு எதிரேயுள்ள ராஜ தீவில் (இன்றைய முயல் தீவில்) குடியேறினர். அங்கு இல்லங்கள் அமைத்து வாழ்ந்தனர். இயேசு சபையினர் ராஜ தீவில் புதியதோர் தலைமை இல்லத்தை நிறுவினர். மேலும் பனிமய அன்னைக்கும் புதிய ஆலயம் ஒன்றைக் கட்டியெழுப்பினர். இவ்வாலயத்திற்கு இயேசு சபையின் கொச்சி மாநிலத் தலைவர் அருட்தந்தை ஆல்பர்ட் லெர்சியோ 1604-ம் ஆண்டு ஜூலை 2-ம் தேதி அடிக்கல் நாட்டினார். இவ்வாலயம் 1606-ம் ஆண்டில் முற்றுப் பெற்றது. மக்கள் தங்களோடு ராஜ தீவுக்குப் எடுத்து வந்த பனிமய மாதாவின் அற்புத சுருபத்தை இப்புதிய ஆலயத்தில் ஆடும்பரச் சிறப்போடு வைத்தனர். இவ்வாலயம் ராஜ தீவில் குடியேறிய மக்களுகு பங்கு ஆலயமாக விளங்கிற்று. ஆனால் ராஜ தீவு குடியேற்றம் ஐந்து ஆண்டுகள் மட்டுமே நீடித்தது. அக்காலத்தில் கொச்சி மறைமாவட்டு ஆயராக இருந்த அந்திரேயாஸ் இயேசு சபையினரையும் மக்களையும் ராஜ தீவிலிருந்து வெளியேறி நிலப் பகுதிக்குத் திரும்புமாறு ஆணை பிறப்பித்தார். அதன்படி ராஜதீவில் வாழ்ந்த அனவைரும் 1609-ம் ஆண்டில் வெளியேறி மீண்டும் நிலப்பகுதியில், தங்கள் தங்கள் சொந்த ஊர்களில் குடியேறினர்.
இடிந்து பாழாகக் கிடந்த புனித இராயப்பர் ஆலயத்தை இயேசு சபையினர் புதுப்பித்து பனிமய மாதாவின் அற்புத சுருபத்தை மக்களின் வணக்கத்திற்காக அங்கே நிறுவினர். மதுரை சேர்ந்த தலைவரால் அழிக்கப்பட்ட தங்களின் தலைமை இல்லத்தையும், அத்துடன் இணைந்தபடி பனிமய மாதா ஆலயத்தையும் 1621-ம் ஆண்டில் எளிய முறையில் மீண்டும் கட்டியெழுப்பினர். பனிமய மாதாவின் சுருபத்தைப் புனித இராயப்பர் ஆலயத்திலிருந்து எடுத்து வந்து இப்புதிய ஆலயத்தில் வைத்துப் பாதுகாத்து வந்தனர்.
கிழக்கிந்தியக் கம்பனி உருவான பிறகு வணிகம் செய்வதற்காக ஹாலந்து நாட்டிலிருந்து டச்சுக்காரர்கள் இந்தியாவுக்கு வரத்தொடுங்கினர். இவர்கள் கால்வீனியம் என்னும் சீர்திருத்தத் திருச்சபையினர். இவர்கள் கத்தோலிக்கத் திருமறையின் கொள்கைகளை வன்மையாகக் கண்டனம் செய்தவர்கள். அவர்கள் 1655-ம் ஆண்டில் இலங்கைத் தீவைக் கைப்பற்றினர். இலங்கையிலுள்ள கொழும்பு நகரைத் தங்களின் வணிகத் தலைமைச் செயலகமாக்கி அங்கு கோட்டையும் கட்டினர். டச்சு ஆளுனரும், மற்றும் டச்சு உயர் அதிகாரிகளும் அங்கு நிரந்தரமாகத் தங்கினர்.