கோயிலின் பீடத்திற்கடியில் இயற்கையாகவே ஏற்பட்ட ஒரு குகையிருக்கின்றது. அது கிழக்குப் பக்கம் நீண்டுள்ளது.
அது ஏறக்குறைய 16 அடி நீளமும், 14 அடி அகலமும், நடு மத்தியில் 7 அடி உயரமுங் கொண்டது. உட்செல்ல 5 அடி உயரமும் 10 அடி அகலமும் உள்ள வாசல் ஒன்றிருக்கின்றது.
அதற்குத் தற்போது கதவு போடப்பட்டிருக்கிறது. குகையின் தென் பாகத்திலுள்ள சிறு துவாரமானது, காற்றும் ஒளியும் உட்செல்லும் வழியாயிருக்கிறது.
இக்குகைக் குள்ளே தான் புனித தோமையார் போய் செப தபஞ் செய்வது வழக்கம். அப்படி அவர் ஒரு நாள் செபித்துவிட்டு இச்சிறு துவாரத்தின் வழியாக நுழைந்து போக முயன்ற போது, கற்பாறையானது மெழுகுபோல இளகி இடந்தர அவர் எளிதாய் வெளியே போயினார்.
போகும் போது இடதுகை பாறையில் பட்டமையால், அதில் அவரது கை அடையாளம் பதிந்து காணப்பட்டது. அந்த அடையாளத்தை இன்னும் பார்க்கலாம்.
16 ஆம் நூற்றாண்டில் புனித ஆரோக்கியமாதா கோவில் கட்டப்பட்ட பின் அக் குகைக்குள்ளும் ஒரு பீடம் அமைக்கப்பட, சிற்சில சமயங்களில் அதில் குருக்கள் திருப்பலி நிறைவேற்றுவார்கள். சில ஆண்டுகளுக்கு முன் சலவைக் கற்களால் அழகான ஒரு பீடம் கட்டப்பட்டு அதன் மேல் புனித தோமையார் சுரூபம் வைக்கப்படலாயிற்று.
