கூடியிருந்த திரளான மக்கள் கேட்டுக்கொண்டதற் கிணங்கத் தோமையாரின் உடல் மயிலாப்பூருக்குக் கொண்டு போக உத்திரவு அளிக்கப்பட்டது. அப்போஸ்தலரது இரத்தம் படிந்த தரையின் மீதிருந்த மண்ணை வாரி எடுத்து, ஒரு பாத்திரத்தில் பக்தியுடன் அடக்கி, மயிலாப்பூருக்குக் கொண்டு போனார்கள். அங்கிருந்த கிறிஸ்துவர்களும் பிறரும் துயரத்துடன் சடலத்தின் வரவை எதிர்பார்த்திருந்தனர். வந்ததும் செப ஆராதனைகள் கோவிலினுள் நடந்தன. அதன்பின் அப்போஸ்தலரின் திரு உடலை அடக்கம் செய்தார்கள். அத்துடன் பெரிய மலையினின்று எடுத்து வந்த இரத்தம் படிந்த மண் இருந்த பாத்திரத்தையும் புதைத்துவிட்டனர்.
ஊர் முழுவதும் பெரும் துக்கமாயிருந்தது. அப்போஸ்தலருக்கு அளிக்கப்பட்ட அநியாயமான தீர்ப்பையும், அவர் பட்ட கொடூர வேதனைகளையும், மரணத்தையும் பற்றியே எங்கும் பேச்சும் அழுகையுமாயிருந்தது. இப்படுகொலையை எண்ணி மக்கள் பெருந்துயரத்திலாழ்ந்தனர். அல்லும் பகலும் அப்போஸ்தலர் கல்லறைக்கு மக்கள் திரள் திரளாகச் சென்று தரிசித்தவண்ண மாயிருந்தனர். உயிருடன் இருக்கையில் எல்லாருக்கும் உதவிய உத்தமர் மரித்த பின்னர் நோயாளிகளை மறக்கவில்லை. அவரது கல்லறையைத் தரிசிக்கப்போன பல நோயாளிகள் குணப்பட்டனர். சிலர் ஆத்தும இருளிலிருந்து நீங்கிச் சத்திய வேதத்தில் சேரப் பாக்கியம் பெற்றனர். அவரை விலாவில் குத்தின சேவகன் மிகவும் மனம் வருந்தி ஞானஸ்நானம் பெற்றான்.
அப்போஸ்தலரைப் பக்தியோடு நேசித்து வந்த டீக்கன் ஜான் விஜயனும், பாவுல் மறை ஆயரும் இராப்பகல் கல்லறைப் பக்கமே கவலையுடன் கூடியிருந்தனர். ஒரு நாள் தோமையார் அவர்களுக்குத் தோன்றி, "ஏன் இங்குத் தங்கியிருக்கிறீர்கள்? என் சரீரம் பூமியிலிருக்கின்றது. ஆனால் என் ஆத்துமம் நான் நம்பியிருந்த இயேசுவின் திருவடிக்குச் சென்று விட்டது நீங்கள் இவ்விடத்தில் சும்மா இருப்பது நன்றன்று; எழுந்திருங்கள் உங்களுக்கு அதிக அலுவல் இருக்கின்றது. போய் மக்களுக்கு சத்தியத்தைப் போதித்துக் கிறிஸ்தவர்களைத் திடப்படுத்துங்கள்; மற்றோரையும் மனந்திருப்புங்கள் சீக்கிரம் நீங்களும் என்னோடு இருப்பீர்கள்'' என்று உரைத்தார்.
மனத் திடனற்றவனாய் டீக்கன் விஜயன், "அப்போஸ்தலரே! உம்மை விட்டுவிட்டு நாங்கள் எப்படி இருப்போம்? ஆண்டவரின் மந்தையைக் காப்பது யார்? மீட்பின் பாதையை இனிமேல் இவ்வூராருக்குக் காட்டுபவர் யார்?'' என்று கேட்டான். அதற்குத் தோமையார், ''மகனே! தைரியம் இழந்துவிடாதே. நம்பிக்கையாயிரு. பல அல்லல்கள் நேரும். மந்தை சிதறுண்டுபோகும். ஆனால் திரும்பவும் கூடும். கடலின் அலைகள் நான் கட்டியுள்ள கோவில் சுவரின் மீது வந்து மோதும்போது மேற்கே இருந்து வீரர்கள் வருவர். அவர்கள் திருச்சபையை இந்தியாவில் உறுதியாக நிலை நாட்டுவர்” என்று தைரியமொழி கூறினார்.